Създаден през 30-те години на X век, манастирът многократно е разрушаван и възстановяван. Негов създател е отшелникът монах Йоан Рилски. През XIV век феодалът Стефан Хрельо Драговол превръща манастира в добре укрепен ансамбъл, който отвън прилича на крепост, а вътре изненадва с мекотата на архитектурните форми.
Манастирът притежава изключително богата библиотека, която съхранява около 250 ръкописни книги от XI-XIX век, 9000 старопечатни издания, нотирани ръкописи и възрожденски графични щампи, а музеят е истинска съкровищница със своите 35 000 исторически експоната, произведения на приложното изкуство, дърворезби, култови и етнографски предмети.